Espace voué à la méditation, au recueillement et aux cérémonies du souvenir au cours desquelles retentit la sonnerie aux morts, la crypte du musée conserve une urne contenant les reliques du « marsouin inconnu » de la Division bleue, prélevées dans l’ossuaire de Bazeilles (Ardennes).

Lieu de mémoire dédié aux 400 000 soldats de marine et des troupes coloniales, morts pour la France, la crypte présente autour de l’ancre d’or, symbole de l’Arme, quelques emblèmes retirés du service. Sur le mur de marbre sont inscrits tous les noms de bataille attribués depuis deux siècles aux drapeaux et étendards des troupes coloniales et de marine.